そもそも「なぜ適格組織再編の場合に、欠損金や含み損の使用制限があるの?」という問題ですが、(ちなみに非適格組織再編の場合は、そもそも欠損金や含み損の引き継ぎができません。)このような制限がないとどういうことが起きるか考えてみましょう。
例えば、毎年100億円の黒字を出すA社があります。そこへ「あの~、500億円の繰越欠損金や資産の含み損を持っているB社があるんですけど、買いませんか~?」とブローカーさんがやってきます。
「おっ!いいねぇ、イキのいい欠損金じゃないか!よし、そのB社買った!」とA社長が買います。
その後、A社とB社をガッチャンコと適格合併させます。すると、毎年100億円の黒字を出すA社は500億円の欠損金や含み損を使うことになり、5年間は納税ナシで行けるのです。
こんな手法が簡単にまかり通ればみんなやってしまうので、税収が激減してしまいます。ですから、このような租税回避行為には網がかけられているのです。
なお、租税回避行為ではなく、本当にビジネスとして真面目な合併などの組織再編にまで一律に網をかけるのは、日本経済の活性化の面からも不適当ですから、”みなし共同事業要件”などの一定の要件に該当する場合には、このような制限はされません。
この”みなし共同事業要件”制度を利用して、否認されたのがいわゆる「ヤフー事件」です。