税務署の所轄の税務調査官は合併契約書の印紙を確認する程度で、組織再編税制が苦手な人が多いようです。欠損金が吹き飛んだり、含み資産の譲渡損が否認されるとすぐに何千万円、何億円となってしまいますので、しっかり勉強しましょう。
「合併時の欠損金の引継ぎ」について実際にご質問をいただきましたので、ご紹介したいと思います。
「1人の個人または家族が経営している同族会社が2つあります。 どちらの会社も保有割合は1人の個人が過半数以上を保有しており、 残りは家族が保有しております。 業種も異なり、会社間の売り買いがある程度ある場合、 合併時においても欠損金が引き継げるか引き継げないか 問題になるのでしょうか?」
つまり、こんな感じですね。

ご質問のケースのような一般的な中小企業の場合、欠損金の引継ぎはできるケースが多いです。一般的には問題が無いケースが多いのですが、ほんの些細なことが抵触して引き継げないということもあります。
たとえば、下記のような事情があるケースは注意が必要です。(一例です)
・ A社又はB社は最近M&Aで買収した会社である。
→欠損金・含み損の使用制限がかかる可能性があります。みなし共同事業要件を満たせば回避可能です。
・ 合併に伴い、全部または一部の株主に合併交付金を払うつもりである。
→非適格合併になる可能性があります。
・ 現在、外部売却(M&A)を検討している。
→ 非適格合併になる可能性があります。
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