4月14日の前震の2日後の16日に本震が発生。人的被害のほか、トヨタ自動車が部品調達に支障が出るため国内の車両組み立てラインを段階的に停止し、ソニー子会社のソニーセミコンダクタマニュファクチャリングがスマートフォンのカメラ向けCMOS画像センサーの生産を停止した。さらにルネサスエレクトロニクスの生産子会社ルネサスセミコンダクタマニュファクチュアリングもエンジン制御などを行う自動車用マイコンの生産を停止するなど、経済面でも大きな影響がでた。